Au Moyen Age, Hondschoote est connue pour la fabrication de saie, une étoffe de laine légère que tissent les nombreux ouvriers installés dans la ville. Exportée dans toute l’Europe via Bruges puis Anvers, la production annuelle des tisserands hondschootois s’élève à plus de cent mille pièces. La ville comptera plus de trois mille tisserands ; avec une population dépassant les vingt mille âmes, Hondschoote est l’une des plus grandes villes d’Europe.
Avec l’arrivée de la main-d’œuvre étrangère, le monde des tisserands prête une oreille attentive aux idées de la Réforme ; la ville devient alors un repaire d’iconoclastes qui pillent en août 1566 le couvent de Saint-Laurent à Steenvoorde, signant ainsi l’acte de naissance des guerres de Religion qui enflammeront tous les Pays-bas catholiques alors sous l’autorité de Philippe II, roi d’Espagne.
Mais la Contre-réforme menée par le monarque espagnol ruine les espoirs des Protestants. Après le pillage de la ville par les troupes du Duc d’Anjou en 1582, de nombreux tisserands locaux s’enfuient pour Leyde aux Pays-Bas. La peste, les guerres et les mises à sac successives ont raison de l’industrie textile dans la cité. Totalement dévastée en 1658, la draperie hondschootoise connaît un bref soubresaut jusqu’en 1708, année où l’armée hollandaise envahit la ville et fait fuir les derniers tisserands.
Devenue française en 1668 par le Traité d’Aix-la-Chapelle, Hondschoote est le théâtre d’une importante victoire de la République Française sur la coalition anglo-hanovrienne en septembre 1793. Les troupes du Général Houchard y battent les armées du Maréchal Freytag, obligeant le Duc d’York à lever le siège de Dunkerque. Sauvant ainsi la France de l’invasion, cette victoire est aussi la première bataille remportée par la Gendarmerie française.